Diskuse s wikipedistou:Faskal/Test šablon

Dobrý den, neuvažujete do druhé šablony zařadit i báze, které vznikají při methylaci DNA, kdy cytosin je nahrazen 5-methylcytosinem či 5-hydroxymethylcytosinem, resp. při následné demethylaci, kdy vznikají ještě 5-formylcytosin a 5-karboxylcytosin? Pravda, zatím o nich články nemáme. (Také je možné to udělat až o úroveň výš - u nukleosidů, když už máte obsažen 5-methyluridin; mimochodem, je korektní psát ho v šabloně s velkým M?) Petr Karel (diskuse) 27. 2. 2014, 08:13 (UTC)

Díky za radu, určitě to udělám! Tuhle šablonu jsem vytvořil jenom vykopírováním z té minulé, ze které jsem udělal přehled hlavních nukleových kyselin, a už moc nekontroloval, co tam bylo původně (byť jsem tam přihodil, co měli na en.wiki). Akorát se nad tím budu muset ještě zamyslet. Nestandardní báze v RNA vyberu asi podle článku RNA, celkem je jich přes 100. U DNA bych si to ale musel nejdřív nastudovat, kromě různých chemických "mutací" se v DNA přirozeně vyskytují báze J, N6-methyladenine a N4-methylcytosine, je to ale hlavně záležitost methylace DNA u bakterií, případně u nižších eukaryot a nevím, nakolik tím běžné čtenáře zatěžovat. A to ještě nehledě k tomu, co se svojí DNA dělají bakteriofágy, kteří mají nejen 5-hydroxymethylcytosin, ale i jeho glykosylovanou formu, 5-hydroxymethyluracil a třeba alpha-N-(9-beta-D-2′-deoxyribofuranosylpurin-6-yl)glycinamide, jak jsem právě zjistil. Jinak navrhuju se přesunout na: Diskuse_s_wikipedistou:Faskal --Faskal (diskuse) 27. 2. 2014, 09:38 (UTC)

Co takhle? --Faskal (diskuse) 27. 2. 2014, 10:24 (UTC)

Když jsou mezi deoxynukleosidy, musí to být deoxy...cytidiny. Co je dát raději do bází s předchozím "• při methylaci:" (ještě před nestandardní, přeci jen se v DNA vyskytují "standardně")? (Nevím, zda totéž by bylo korektní pro 5-methyluridin (−> 5-methyluracyl) a 7-methylguanosin (−> 7-methylguanin), neznám okolnosti jejich přirozeného výskytu. Nechávám to plně na Vašem uvážení, dál už do diskuse zasahovat nebudu. Petr Karel (diskuse) 27. 2. 2014, 16:00 (UTC)

To je rozhodně správná připomínka, nějak jsem při kopírování nevzal na vědomí, že to kopíruju do špatné sekce, kam bych to musel přepsat. Takže jsem to dramaticky předělal, problém je, že je to trochu schizofrenní, a to hlavně kvůli pseudouridinu, který má bázi správnou, ale jinak připojenou do podoby nukleosidu, a inosinu, protože podle názvu není poznat, že je z hypoxantinu. Výskyt uracilu v DNA a thyminu v RNA jsem tam zohlednil proto, že se tam jmenují jinak a uracil v DNA aspoň v některých případech může být zařazen při syntéze. Ještě jednou děkuji za váš čas, --Faskal (diskuse) 27. 2. 2014, 17:49 (UTC)

Za nestandardní jsou dvojtečky, za umělé nejsou. Překlep? --27. 2. 2014, 14:59 (UTC), Utar (diskuse)

ono to "umělé" je vlastně součást celého termínu. Přeformuloval jsem to, aby to bylo jasné, takže umělé => syntetické purinové analogy -- Tento nepodepsaný komentář přidal uživatel Faskal (diskuse • příspěvky) 27. 2. 2014, 15:50 (CE(S)T)

Díky za úpravu. S pozdravem --27. 2. 2014, 16:16 (UTC), Utar (diskuse)