Jeho hlavním úkolem je zastupovat Českou republiku a hájit její zájmy v řízeních před Soudním dvorem EU, jichž je Česká republika účastníkem nebo která se bezprostředně dotýkají zájmů České republiky a jejích občanů. Vyjádření České republiky vypracovává vládní zmocněnec vždy ve spolupráci s příslušnými orgány, jejichž působnosti se daná problematika dotýká.  Blíže je činnost vládního zmocněnce upravena usnesením vlády a  též zákonem č. 186/2011 Sb., o poskytování součinnosti pro účely řízení před některými mezinárodními soudy a jinými mezinárodními kontrolními orgány a o změně zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, ve znění pozdějších předpisů.

Z hlediska ochrany zájmů České republiky jsou nejvýznamnější tři typy řízení:

1. České republice je vytýkáno porušení unijního práva
   Toto řízení, tzv. řízení pro porušení Smluv či řízení o porušení povinnosti vede Evropská komise, pokud má za to, že členský stát porušuje unijní právo. Řízení je zahájeno výměnou stanovisek mezi členským státem a Komisí, v případě nevyjasnění záležitosti pak pokračuje před Soudním dvorem Evropské unie. Řízení může skončit rozsudkem ukládajícím finanční sankci, která může být pro členský stát velmi citelná. Blíže k průběhu řízení.
   V současné době je proti České republice vedeno přibližně 80 řízení tohoto typu. V roce 2013 se například podařilo dosáhnout zamítnutí dvou žalob Komise v oblasti daně z přidané hodnoty (případy C-109/11 a C-269/11), nebo snížit o více než 3 miliony euro sankci navrhovanou Komisí ve věci zaměstnaneckých fondů penzijního pojištění (případ C-241/11).
2. Česká  republika napadá platnost unijního aktu
   Členský stát může také podat žalobu na neplatnost aktu orgánu Unie, případně na jeho nečinnost. Jedná se fakticky o jediný způsob, jak se lze bránit rozhodnutím unijních orgánů, zejména Evropské komise, má-li Česká republika za to, že jsou v rozporu s unijním právem. Blíže k průběhu řízení.
   Touto cestou bylo například získáno zpět do státního rozpočtu přes 300 milionů Kč ve věci nadlimitních zásob zemědělských komodit (případ T-248/07). Aktuálně probíhají 4 řízení o žalobě podané Českou republikou, mimo jiné spor týkající se pomazánkového másla (případ T-51/14).
3. Česká republika usiluje o ovlivnění výkladu unijního právního předpisu ve svůj prospěch
   V rámci řízení o předběžné otázce má Česká republika možnost vyjádřit se k otázkám výkladu konkrétních ustanovení předpisů unijního práva. Tyto otázky Soudnímu dvoru Evropské unie pokládají vnitrostátní soudy členských států. Česká republika se zapojuje do těch řízení, v nichž může mít odpověď na posuzovanou otázku přímý dopad na českou právní úpravu či praxi. Výklad, který Soudní dvůr Evropské unie v tomto řízení přijme, je totiž následně závazný ve všech členských státech. Blíže k průběhu řízení.
   Aktuálně probíhá například řízení, v němž je posuzován soulad české darovací daně na povolenky pro emise skleníkových plynů s unijním právem (případ C-43/14). Možné negativní rozpočtové dopady tohoto případu činí cca. 10 mld. Kč.

O své činnosti vydává vládní zmocněnec pravidelné výroční zprávy.