Sekce jsou složeny z členů Komise, kteří projeví zájem v dané sekci pracovat, a z dalších odborníků, kteří nejsou členy Komise. Členství v sekcích je čestné. Předseda sekce je jmenován předsedou Komise na návrh Komise z řad jejích členů.

V současnosti je předsedkyní sekce pro vzdělávání, vědu a informatiku RNDr. Jana Dlouhá, PhD., předsedkyní sekce pro kulturu a komunikaci Ing. arch. Věra Kučová  a předsedkyní sekce pro životní prostředí doc. Ing. Martina Pásková, Ph.D. 

Sekce se dle svého odborného zaměření podílejí na plnění programů UNESCO a dávají Komisi návrhy na rozvíjení české účasti na činnosti UNESCO. Zasedání sekcí se konají podle potřeby, zpravidla dvakrát ročně.

K řešení konkrétních úkolů může sekce ustavit také ad hoc pracovní skupiny, které se schází samostatně podle potřeby.