Strategický dialog je primárně nastaven na spolupráci na úrovni vlád. Na obou stranách jsou kromě resortů zahraničí zapojena i vybraná resortní ministerstva jako např. MO, MŽP, MPO, MD, MK, MŠMT a MV stejně jako Úřad vlády a Spolkové kancléřství. Cílem dialogu je propojení nejen resortních ministerstev, Úřadů vlády a dalších relevantních aktérů s jejich německými protějšky na spolkové i zemské úrovni (sousední spolkové země Sasko a Bavorsko) nad rámec běžné bilaterální agendy, ale také a především společné definování dlouhodobějších, strategických cílů na pozadí současného dění v Evropě i ve světě.

Vedle v rámci Strategického dialogu definovaných prioritních témat jako věda, výzkum, inovace, rozvoj společné infrastruktury, boji proti příhraniční kriminalitě či spolupráce ve školství, kultuře či zdravotnictví, je tak jednou ze stěžejních oblastí česko-německé spolupráce oblast zahraniční, unijní a bezpečnostní politiky. 

Poslední vyhodnocení činnosti pracovních skupin proběhlo v létě 2022. Dne 26. července 2022 podepsali ministři zahraničních věcí Jan Lipavský a Annalena Baerbocková u příležitosti návštěvy německé ministryně v Praze program Česko-německého strategického dialogu na období 2022 až 2024.

Ten se věnuje společným cílům Česka a Německa v oblastech bezpečnosti, energetiky, dopravy, klimatu, zdravotnictví, školství, kultury či vědy a výzkumu.