V česko-bavorské příhraniční oblasti působí dva euroregiony: česko-německý Euregio Egrensis se sídlem v Chebu a česko-německo-rakouský Euroregion Šumava – Bayerischer Wald – Mühlviertel se sídlem v Klatovech. Navíc existuje 77 partnerských smluv mezi českými a bavorskými městy (např. Praha–Norimberk, Plzeň-Řezno a d).

euregio egrensis

Nově se od r. 2012 rozvíjí kooperace v rámci česko-bavorsko-rakouského Evropského regionu Dunaj Vltava, v němž jsou na české straně zapojeny všechny tři s Bavorskem sousedící kraje - Karlovarský kraj, Plzeňský kraj a Jihočeský kraj. 

logo ERDV

V období 2014–2020 bude pokračovat Operační program ČR-Bavorsko, jež byl v letech 2007-2013 řazen k nejlépe hodnoceným programům Evropské územní spolupráce. Novými prioritními osami by měl být hospodářský rozvoj, lidské zdroje a sítě, dále pak rozvoj území a životního prostředí.

Klíčová je spolupráce v oblasti potírání drogové kriminality v souvislosti s nárůstem ilegálního dovozu pervitinu, např. formou „závojového pátrání“ v příhraničí a rozšíření tzv. Hofského dialogu ministerstev vnitra o zástupce Polska. Důležitou roli má Společné centrum česko-německé policejní a celní spolupráce Petrovice – Schwandorf. V přípravě je česko-bavorské ujednání k provedení Smlouvy mezi ČR a SRN o přeshraniční spolupráci zdravotnické záchranné služby při katastrofách a velkých haváriích, podepsané v dubnu 2013.

Velmi důležitá je modernizace železničního spojení v úseku Praha - Plzeň – Domažlice - Mnichov a Norimberk – Makrtredwitz – Hof – CZ hranice, zvláštní důraz je na obou stranách kladen na dobudování silničního spojení „východ-západ“ na trase Amber-Schwandorf-Cham-Furth im Wald-Plzeň.

Rozvíjí se spolupráce škol a univerzit v česko-bavorském příhraničí, rozšiřuje se nabídka výměnných pobytů studentů všech typů škol, partnerství škol (183) a univerzit (25). Mezi nejvýznamnější instituce v této oblasti patří Bohemicum Regensburg/Passau, které ve spolupráci s FSV UK v Praze nabízí bakalářský obor česko-německá studia. Aktuální je spolupráce v oblasti duálního vzdělávání, např. Bavorsko-česká odborná jazyková akademie ve Weidenu.

Významnou roli při koordinaci výměn mládeže sehrávají Koordinační centra Česko-německých výměn mládeže Tandem, která v Plzni a Řezně působí od r. 1998. Novým programem Tandemu jsou např. několikaměsíční praxe pro učně a nezaměstnanou mládež v různých oborech v ČR i SRN. K dalším kulturním centrům usilujícím o sbližování Čechů a obyvatel Bavorska patří Centrum Bavaria Bohemia v Schönsee, spolek Kunstverein Hochfranken v Selbu, v Mnichově pak Ackermann-Gemeinde či Spolek Adalberta Stiftera.  

Česko-bavorská mezivládní pracovní skupina pro přeshraniční spolupráci

Mezivládní Česko-bavorská mezivládní pracovní skupina pro přeshraniční spolupráci vznikla v návaznosti na ujednání předsedů vlád tehdejší ČSFR a Svobodného státu Bavorsko ze dne 11. 7. 1990.

Spolupředsedové pracovní skupiny z Bavorské státní kanceláře a MZV ČR organizují jednou za dvanáct měsíců společná zasedání.